动物防疫指挥系统是21世纪有效防控动物疫病的重要手段之一。建设的目的是通过信息技术来提高动物疫病的防控能力，确保畜牧业的可持续发展。基于TopMap GIS平台开发的动物防疫指挥系统是集动物防疫信息化管理系统和重大动物疫病控制指挥调度系统为一体的管理软件：即将动物防疫的基础信息——饲养场信息、动物信息、防疫站信息、防疫人员信息、交易市场信息、屠宰场信息、疾病信息、动物类型信息；动物防疫的业务信息——防疫信息、检疫信息、交易信息、屠宰信息与地理信息系统自动集成。动物防疫指挥系统，实现了疫情分析、疫情布控、人员物资管理与动物防疫基本信息浑然联结。代替了传统的防疫指挥调度管理方式，操作简明、流畅，展示形象生动、图文并茂。能够更好的、更直接地支持领导指挥调度与决策，是面向农牧行业全面管理软件的典范。
　　动物防疫指挥系统作为数字化、信息化的动物疫病管理及防控系统，能够帮组各用户单位：有效地提高动物防疫队伍的工作效率；及时掌握畜牧业生产、动物防疫、动物检疫及相关工作的进展情况；准确地对乡镇畜牧兽医站的工作进行量化；加强对乡镇畜牧站兽医指导、监督和管理；有效地将地图信息、防疫数据信息等进行综合管理；建立准确、完整防疫信息系统，以满足动物防疫等日常工作的需要；对疫情发生地在地图上准确定位、准确分析、动态地了解疫情发展趋势；自动统计受疫情影响的饲养场、乡镇、村社和县市及由疫情带来的损失等，为防疫决策人员做出决策提供精确的数据支持；更加直观、方便地对发生疫情的地方进行模拟布控，安排人员、物资、药品和车辆；生成地市州、县、乡、村各类专用图、图表等方式准确显示防疫数据。
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